В естествените местообитания на тропическите риби съдържанието на токсични азотни съединения е сравнително ниско. В аквариумите обаче, в значително по-малкия обем вода, често се случва да се допусне прехранване или пренаселеност. Тогава се създава благоприятна среда за замърсяване с тези вещества. Неоползотворените хранителни остатъци се разлагат, увеличава се наличието на екскременти, в резултат на което се повишават нивата на вредните азотни елементи в затворената екосистема.
Азотният цикъл е процес, при който опасните токсини се преобразуват в по-безвредни и дори ценни субстанции. Рибите отделят амоняк (NH3) чрез изпражненията. Друг източник е гниещата органична материя - неизядена храна, бактерии, растения, умрели индивиди, които с течение на времето също се превръщат в амоняк. Количеството му бързо се увеличава, което се оказва пагубно за домашните ви любимци и те загиват за дни или за часове.
Тук идва ролята на полезните нитрифициращи бактерии. Те образуват колонии по всички повърхности в аквариума, като най-много се заселват в грунда и във филтърната медия (механична и биологична). Тяхната основна функция е трансформирането на амоняка в нитрити – NO2 (Nitrosomonas), които също са опасни за фауната, и нитрати – NO3 (Nitrobacter). Последните са по-безвредни в ограничени количества. Замърсеният аквариум излъчва неприятна миризма, което е признак за нездравословна среда. Друга индикация е наличието на пяна по повърхността на водата.
Естествените растения абсорбират нитратите от почвата под формата на обогатител. Те са източник на хранителни вещества, като растителният протеин служи за храна на рибите, и кислород, който произвеждат чрез фотосинтезата. Тук важна роля играе и осветлението, защото светлината е важна за преобразуването на CO2.
Чрез смяната на водата се отстраняват излишните нитрати и тя трябва да се извършва редовно, за да се предотврати натрупването на токсини. Филтрирането пък е необходимо за създаване на азотния обмен, което е от изключително значение за поддържане на водния живот. С точните грижи и подходяща техника ще се постигне онзи баланс, който е нужен за домашната ви екосистема. Така по-дълго ще се наслаждавате на вашия подводен свят и си осигурявате пълноценна почивка след дългия работен ден. 
Като заключение можем да кажем, че азотният цикъл е затворен кръговрат, който в аквариумни условия протича на три етапа:
- рибите отделят различна органика, прехранват се и се появяват процеси на прогниване, които водят до образуването на амоняк
- под въздействието на нитрифициращите полезни бактерии това съединение се разгражда до нитрити или нитрати
- живите растения употребяват нитратите и отделят жизненонеобходимия кислород, като по този начин се затваря кръгът.